Gli Invisibili in Movimento sono coordinati da una segreteria nazionale che ha il compito di strutturare le proposte politiche e le attività che vengono proposte dai gruppi locali e a sua volta di proporre azioni politiche di carattere locale o nazionale.

A livello locale, il Movimento è composto da gruppi locali, le nostre Agorà Popolari. Ogni gruppo nomina uno o più referenti che collaborano con la Segreteria per rafforzare lo scambio di informazione, e la proposta di azioni politiche e comunicative.